Максимум что можно сделать - пропатчить форум до последней версии.
Это можно. Если поможет. Тем более не факт что это не последняя версия. Разве что у Вас есть другая информация.
...да и обшее оформление не фонтан (отсталось года на 4)
То уже не движок. А где уверенность в том что установка нового скина не добавит своих глюков? Стандартный уже отшлифован годами. ИМХО, видел десятки интерфейсов для форума, subSilver - один из самых удобных.
Глюк с отметкой прочитанных сообщений есть.
Как вариант: посадить человека который разберется с проблемой отображения новых/старых тем вручную, в коде.